Najważniejsze projekty finansowane ze środków krajowych i zagranicznych: 

• „Zaawansowana technologicznie, inteligentna infrastruktura (krytyczna) sieci wodociągowej dla systemów zbiorowego zaopatrzenia w wodę" (POIR 04.01.04-00-0041/18); okres realizacji 2019-2022.
Kierownik projektu: dr hab. inż. Stanisław Rybicki, prof. PK

• "Innowacyjna i nisko energetyczna metoda usuwania związków azotu ze ścieków komunalnych" (POIR.04.01.04-00-0039/17); okres realizacji 2019-2023
Kierownik projektu: prof. dr hab. inż. Anna M. Anielak

• „Innowacyjne technologie odzysku i przetwarzania odpadów oraz rewitalizacja terenów zanieczyszczonych w systemie komunalnej gospodarki cyrkulacyjnej” (POIR.04.01.02-00-0032/17); okres realizacji 2017-2020
Kierownik projektu: dr hab. inż. Małgorzata Cimochowicz-Rybicka, prof. PK

• „Zastosowanie archeanów i niekonwencjonalnego źródła węgla w procesie oczyszczania ścieków komunalnych”. Projekt współfinansowany ze środków NCBiR w ramach I konkursu Programu Badań Stosowanych (PBS1/B9/11/2012). Projekt realizowany wspólnie z MPWiK w Krakowie (2012-2015).
Kierownik projektu: prof. dr hab. inż. Anna M. Anielak

• „Wpływ fermentacji wstępnej na przebieg procesów biologicznego usuwania fosforu” (3775/B/T02/2007/33); okres realizacji 2007-2010
Kierownik projektu: dr inż. Stanisław M. Rybicki

• „Identyfikacja cyst Cryptosporidium spp. w wodzie metodą RFLP-PCR” (4159/B/T02/2008/35)
Kierownik projektu: prof. dr hab. Renata Kocwa-Haluch

• „Oddziaływanie układów nadmiarowego biologicznego usuwania fosforu ze ścieków na wytwarzanie gazu fermentacyjnego w mezofilowej fermentacji ścieków” (PB-3775/B/T02/2007/33)
Kierownik projektu: dr inż. Stanisław M. Rybicki

• „Metale i substancje towarzyszące w wodach przeznaczonych do spożycia w Polsce” (98/N-COST/2009/0)
Wykonawca dr inż. Stanisław M. Rybicki

• „Zmiany aktywności metanogennej pod wpływem procesu dezintegracji ultradźwiękowej” (1 T09 D 02830)
Kierownik projektu: dr inż. Małgorzata Cimochowicz-Rybicka

• „Ocena toksyczności oraz możliwości bioremediacji gruntów skażonych odpadami popescydowymi”
Kierownik projektu: dr inż. Tomasz Baczyński